İlçe merkezi ve çevre köylerin tarihi çok eskilere dayanmaktadır. İlçe sınırları içersinde doğanın ve insanın acımasız tahribatına rağmen ayakta kalmayı başaran yaklaşık 30 adet şehir ve köyden oluşan yerleşim yeri bulunmaktadır. Dağlık bir bölgede bulunmasına rağmen bu denli çok yerleşim merkezini barındırmasını şu sebebe bağlayabiliriz. Akdeniz ticaret yolu açısından önemli bir nokta olan Alanya ve Manavgat sahilleri bir çok devlet tarafından ele geçirilmek istenmiş ve bu nedenle yoğun saldırılara maruz kalmıştır. Bu sebeplere binaen burada yaşayan halkın büyük bir bölümü dinsel ve siyasal varlıklarını sürdürebilmek için saldırılara karşı daha güvenli olan iç bölgelere göç etmişlerdir. Bu insanların bir kısmı şimdiki ilçe merkezinin güneyin de yer alan Alara vadisi ve çevresine yerleşmişlerdir. Diğer kısmı da Akseki sınırına yakın olan Karadere ve Güneyyaka köyleri civarına yerleşmişlerdir. Alara vadisine yerleşen bu ilk halkın bu yöreyi yurt edinmelerinin başlıca nedeni, bölgedeki kerestenin kaliteli ve bol olması, bu kerestenin de ırmak kanalıyla taşınmasının kolay olmasıdır. Bu nedenle gerek kaynağı yakın noktalar da gerekse vadi boyunca bu uygarlıkların kurmuş oldukları yerleşim merkezlerini görmek mümkündür.
Bölgede bulunan mağaralardaki bulgular göz önüne alınarak her ne kadar ilçenin tarihinin yontma taş devrine kadar sarktığı söylense de, ilçe sınırlarında günümüze kadar oluşan eserler daha çok GEÇ ROMA-BİZANS VE SELÇUKLU dönemi eserlerinin karakteristik özeliklerini yansıtır. İlçenin yakın tarihi ise söylenenlere göre Konya’nın İKSİRE köyünden bazı nedenlerden dolayı göç eden aileler tarafından kurulmuş ve bu nedenle adına EKSERE denilmiştir. İlk dönemlerde idari olarak Akseki’ye bağlı bir köy olan EKSERE 1936 yılında Akseki ilçesinden 14 ve Alanya ilçesinden 23 köy bağlanarak ilçe olmuş ve "Gündoğmuş" adını almıştır. İlçe ilk kurulduğunda 2 bucak ( Güzelbağ ve Köprülü) ve 35 köyden oluşmaktaydı. Soğukpınar ( Guguşlar) köyü ve Güzelbağ bucağına bağlı 12 köy ticari ve ulaşım bakımından Alanya ilçesi ile ilişkilerinin daha yoğun olduğu gerekçesiyle İlçeden ayrılmıştır. İlçe 3 belde ve 23 köyden oluşmaktadır. 1998 yılında Ortaköy, Senir ve Köprülü’ye belediyelik statüsü verilmiştir
Gündoğmuş’un tarihçesi ile ilgili 2 rivayet il yıllıklarına geçmiştir.
1- Eski adı "Eksere" olan Gündoğmuş’u şimdiki Karaman’a bağlı İksile kasabasından çeşitli sebeplerle ayrılan bir aile kurmuştur.
2- Kışın sahilde yaşayan Yörükler yazın yaylaya çıkarlar ve sonbaharda tekrar dönerlerdi. İşte bu Yörük kafilesinin büyük bölümü sahile dönmez. Gündoğmuş’a yerleşir. Sahilde kafilenin gerisini soranlara, dönenler “ ekserisi kaldı” derler. Bu münasebetle onların kaldığı yerlere ekseri derler. Zamanla bu kelime Eksere şeklinde söylenmeye başlar.
Diğer bir rivayete göre ise ; (Ahmet Cemal EREN anlattıklarını, Osmanlıca yazılmış, kapakları yırtılmış bir kitaptan okuduğunu söyler.) Kıbrıs’ın fethine gelen Müslüman arap askerlerinden bir grup bugün Alanya’ya bağlı bir köy olan Yeşilköy´e çıkar. Buradan tebliğ vazifesini yerine getirmek üzere içlere doğru ilerler. Bu arada yaşayış ve karakter itibari ile Rumlardan tamamen farklı olan ve kendilerine güzel bir vatan arayan Horasanlı Türklerle karşılaşırlar. Bunlar tabiat şartlarının her yönden olgunlaştırdığı bir avuç Serdengeçti´dir.
Müslüman Araplar tebliğ vazifelerini Türklere de yaparlar. İçtimai yaşayış ahlak ve karakter bakımından İslamiyet’i, ruhlarına uygun bulan Türkler, bu mukaddes dini iştiyakla kabul ederler. “ Müminler kardeştir.” Hükmüne göre taraflarda karşılıklı olarak akraba olma düşüncesi uyanır. Ve karşılıklı kız alıp verirler.
Türklerin katılmasıyla güçlenen bu İslam topluluğu Bizans vatanı olan Anadolu içlerine yürürler. Ancak dini liderleri durumunda olan Şeyh Mehmet Efendi Saburlar Köyü civarında hastalanınca, yanında bir grupla beraber burada kalır.
Güneyde ilk İslam Köyü şanına layık, Saburlar Köyü işte bu Şeyh Mehmet Efendi tarafından kurulur. Topluluğun ağırlıklı kısmı ise tebliğe devam etmek üzere ilerlerler. Zaman zaman çatışmalarla geçen ileri harekat şimdi Karaman’a bağlanan Ermenek ilçesine kadar devam eder. Burada yaşamaya uygun bir yere çadırlar kurularak yerleşilir. Bu arada yanık sesli bir derviş yüksek bir yere çıkarak sela ve ezan okur.dolayısıyla buranın ismi de İLK SELA olur. Ancak zamanla bu isim “ İLKS İLE “ ve daha sonrada “ İKSİLE” olarak söylenmeye başlar…
Buradaki Müslümanlar zamanla çoğalarak büyük bir köy olurlar. Daha başka köyler kurarlar. Bir gün kalabalık bir grup dini reisleri olan Mehmet Efendiyi ziyaret etmek için yola çıkarlar şimdiki Karain mevkiine kadar gelirler. Ancak baharın gelip karların erimesi ile coşan Alara Çayı bu vefalı evlatlara yol vermez. Onlar da İksile’ye geri dönmezler.Şimdi kale yıkıntısı bulunan ve Alanya Tarihi kayıtlarında ismi "PAMBUCAK" olarak geçen yere yerleşirler.Bunlar ileriki günlerde bir köprü yaparak Saburlar Köyü ile ulaşımı kolaylaştırıırlar. Ama artık Pambucak ayrı bir köy olmuştur.
Pambucak, hayvancılık yönünden ve düşman baskınları yönünden tehlikeli görülünce bir grup Senir’e bir grup Ortakonuş’a bir grup da şimdiki Köyiçi dediğimiz mevkilere giderek yerleşik hayata geçerler ve buralar da ayrı ayrı köyler kurarlar.
Ancak Köyiçine yerleşenler kalabalıklaştıkça susuzluk artar. Yer sıkıntısı da başlayınca,yine su kıt olan ama hayvancılık için iyi bir kışlak olan Gündoğmuş’a gelirler. Buraya ilk olarak "İksile" veya "Ekseri" adını verirler. Zamanla EKSERE şeklinde söylenmeye başlar. İlçe olunca da Gündoğmuş adını alır. ( Köy içi denilen mevkiide Müslüman mezar kalıntıları ve bir değirmen kalıntısı bulunmaktadır.)